在同伴的眼中，瓜生新吾（水岛大宙 配音）是一个乐于助人的好好先生，而今年，新吾所就读的各务台私立学园即将和当地有名的结姬私立女子学园合并，而包括新吾在内的数十名学生，则被预先送往女校习惯未来的学习生活

风和日丽的一天，铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南（高山南 配音）和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方胆大非常，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经朱蒂•斯泰琳（一城美由希 配音）介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违反交战原则，射杀了手无寸铁的平民，此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛，人

棒球巨星佐藤建回到家乡日本，接手成为超级英雄奥特曼，担当保卫地球的任务，却很快就发现工作不如想像中简单，因为他被迫抚养头号大敌留下的孩子。

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